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Native Patterson の計算

非対称単位中に 2分子以上存在する場合には,Native Patterson を計算して, 結晶学的対称要素と平行な NCS (非結晶学的対称要素)が存在しないかをチェックする.

  1. Molecular Replacement から Analyse Dataを選択する.
  2. Mtz file,モデルの PDB file および Number of residues in the asymmetric unit を入力.
  3. Run Run Now

終了したら, View Files from Job View Log File で結果をチェックする.

例えば,


  Order No. Site Height/Rms    Grid      Fractional coordinates   Orthogonal coordinates

     1   29    1   63.08    40  24   0   0.5000  0.5000  0.0000    52.45  33.24   0.00
     2   39    1   44.08    39  24  59   0.4917  0.5000  0.9833     4.63  33.24  58.65
     3   34    6    5.19    39  24  42   0.4912  0.5000  0.6995    18.13  33.24  41.72
  ....
と,この場合は $C2$ の原点のピークしか無いことから,結晶学的な対称要素と 平行な NCS は無いと予想される.

この他にも, View Log Graphs で Wilson Plot やモデルの温度因子をチェッ クする.



Nobuhisa Watanabe
平成13年10月24日