SHELXC, SHELXD, SHELXE を使おう．
http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/index.html
HKL2MAPを使うと，以下のことを GUI 経由で出来ます．
以下，Cr (2.29 A)でイオウ(S)の SAD で trypsin の初期位相を付けた例．
shelxc tryp-180 <<EOF SAD shelxl-180.hkl CELL 54.1265 58.6147 66.22133 90 90 90 SPAG P212121 FIND 9 DSUL 6 MIND -3.5 NTRY 100 EOF shelxd tryp-180_fa shelxe tryp-180 tryp-180_fa -h -s0.45 -m20 shelxe tryp-180 tryp-180_fa -h -s0.45 -m20 -i
PF-AR NW12 の MAD data での例．
shelxc SomeThing <<EOF PEAK ../PF-ARdata/peak.sca INFL ../PF-ARdata/edge.sca HREM ../PF-ARdata/remote.sca CELL 52.026 75.563 81.970 90. 90. 90. SPAG P212121 SHEL 20 1.5 FIND 2 NTRY 100 EOF shelxd SomeThing_fa shelxe SomeThing SomeThing_fa -h -s0.40 -m20 shelxe SomeThing SomeThing_fa -h -s0.40 -m20 -i
HKL2000で NO MERGE ORIGINAL INDEX をやるには，Macros タブの下の During Scaling に直接書き，Add Macro とする．