各データセットのスケーリング - sortmtz, scala, truncate

1. Data Reduction の Scale Experimental Intensities を選 択し，MTZ input, output を適当に設定する．
2. Convert to SFs & Wilson Plot で Run Truncate to output Wilson plot and SFs after scaling がチェックされているこ とを確認し， Estimated number of residues in the asymmetric unit に数値を入力し，構造因子をおよその絶対値にスケールする．
3. 異常分散データの場合は， Handling of Anomalous Data の Separate anomalous pairs for merging/output をチェックする．
4. その他は default のままで OK．
5. Run, Run Now で sortmtz, scala, truncate を実行する．
6. peak のデータ以外のデータでは，別途 FreeR flag を設定する必要ない ので Ensure unique data & add FreeR column... のチェックを 外しても良い．

終了したら， View Files from Job の View Log File や View Log Graphs で結果をチェックする．

1. Overall の R因子 Rmeas (Rsym) が十分に小さい(数%)か．
2. 特に Acentric Moments of ..., Centric Moments of ... とCumulative intensity distribution のグラフをチェッ クして双晶でないかを確認する．

ちなみに，この条件場合に ccp4i が作成する Command Script は以下のように なる. (*)は各プログラムの標準値である．

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# sortmtz 
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 ASCEND
H K L M/ISYM BATCH

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# scala
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 run 1 -
    all			! 全 batch をスケーリングする
exclude EMAX -
    10.0		! normalized amplitude Eの最大値10 (*)
partials -
    check -		! MPART flag をチェックする(*)
    test 0.95 1.05 -	! total fraction が 0.95-1.05 のものをaccept (*)
    nogap		! 連続するデータの中間のものが無いのはnoaccept (*)
intensities PROFILE -	! Profile-fitted intensity をスケーリングに使用する(*)
    PARTIALS		! Summed partials をスケーリングに使用する(*)
final PARTIALS		! Summed partials を final analysis に使用する
scales -
    rotation SPACING 10 - ! Scale factor を回転軸まわりで10度毎に設定する
    bfactor OFF		! B factor はスケールに含めない(*)
UNFIX V			! Diffuse scattering tail の扱い
FIX A0			!  (*)
UNFIX A1		!
initial MEAN		! 初期スケールは平均強度から作成する(*)
cycles 10 converge 0.3 reject 2 ! 2 cycle めから outliers を reject(*)
anomalous on		! 出力に anomalous を分離して出す
output AVERAGE		! averaged intensities, <I+>, <I->を出力
print cycles nooverlap	! 情報出力
NOHARVEST		! 

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# truncate
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 title scale peak
truncate -
    YES			! French \& Wilson に従う(*)
anomalous -
    YES			! anomalous difference を出力する(* if anomalous)
nresidue 990		! asymmetric unit 中の残基数
plot -
    OFF			! log output に ascii plot をしない(*)
falloff -
    yes			! data の anisotropy (falloff)の解析を行う(*)
NOHARVEST
end

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# mtzdump
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 NREF 0			! 反射データは出力せず 
SYMMETRY		! symmetry 情報のみ出力する
END

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# unique
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 CELL 122.1299 122.1299 114.2791 90.0000 90.0000 120.0000
SYMMETRY P3221
LABOUT F=FUNI SIGF=SIGFUNI
RESOLUTION 2.300

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# freerflag
*******************************************************************
 FREERFRAC 0.05
END

*******************************************************************
# cad
******************************************************************* 
LABI FILE 2  E1=FreeR_flag
LABI FILE 1  ALLIN
END

*******************************************************************
# freerflag
*******************************************************************
 COMPLETE FREE=FreeR_flag
END

となる．