Wavelength ------- f-prime -------- --------f"--------------
last refinement Refined last refinement Refined
1 -9.251 -9.396 4.794 3.850
2 -8.816 -9.325 1.981 1.357
3 -4.312 -4.312 3.380 3.380
になった．
------------------------------------------------------------------------
#!/bin/csh
#
setenv CCP4_OPEN UNKNOWN
setenv SOLVETMPDIR /var/tmp
setenv SYMOP /home/muser/watanabe/resolve/lib/resolve/symop.lib
# 最後の行は sirius 等に resolve がインストールされていないため，
# とりあえず watanabe の個人的な Package directory を定義してあるが，
# なくても良いように思う．みんなが resolve を使うようになったら姚さん
# に頼んで /home/sapporo 等にインストールしてもらおう．
#
solve <<EOD > solve.log
! 大きい格子では solve_giant, solve_huge が使用出来る．
! command file to read in raw data of formented mtz,scale analyze and solve it
title ph0054_Se BL40 MAD data for 3-wavelengths
@solve.setup ! ここで結晶等のパラメタを記述したファイルを読み込ませる
logfile solve_MAD.log
LABIN FPH1=Fpeak SIGFPH1=SIGFpeak DPH1=DANOpeak
LABIN SIGDPH1=SIGDANOpeak
LABIN FPH2=Fedge SIGFPH2=SIGFedge DPH2=DANOedge
LABIN SIGDPH2=SIGDANOedge
LABIN FPH3=Fremote SIGFPH3=SIGFremote DPH3=DANOremote
LABIN SIGDPH3=SIGDANOremote
HKLIN ../CCP4/phoACCD_MAD_scaleit1.mtz ! ccp4 の scaleit の出力
!premerged
!refscattfactors ! 標準は fixscattfactors
mad_atom Se
lambda 1
wavelength 0.97920
fprimv_mad -8.0 ! f' value at this wavelength
fprprv_mad 3.8 ! f" value at this wavelength
! 各波長の数値は「実際」の値を入力する．
! ビームラインの分光器の波長の値は正確で
! ない場合がある．特に edge は XAFS を見
! て決めた方が良いようである．
lambda 2
wavelength 0.97950
fprimv_mad -9.5
fprprv_mad 2.2
lambda 3
wavelength 0.9641
fprimv_mad -3.5
fprprv_mad 3.7
nres 990 [approx # of residues in protein molecule]
nanomalous 12 [approx # of anomalously scattering atoms per protein]
!SCALE_MAD ! CCP4 のスケール済 mtz データを読み込む場合不要
ANALYZE_MAD ! run MADMRG and MADBST and analyze all the Pattersons
SOLVE ! Solve the structure
EOD
------------------------------------------------------------------------
また，別の方法で来めた重原子サイトをそのまま使いたい場合は，
------------------------------------------------------------------------ ．．． mad_atom Mn lambda 1 wavelength 1.89531 fprimv_mad -8.0 ! f' value at this wavelength fprprv_mad 3.9 ! f" value at this wavelength atomname Mn xyz 0.9948 0.3346 0.3104 xyz 0.4876 0.1345 0.1897 ．．． ANALYSE_SOLVE ANALYZE_MAD SOLVE ------------------------------------------------------------------------のように xyz で座標を入力して，ANALYSE_SOLVE を行なう．