Restraint の作成とチェック

必要なら，上記で作成したライブラリーを用いて，restraint を作成する．

1. ccp4i の Refinement メニューから Run Refmac5 を選択．
2. Do review restraints とし， PDB in, Library にファ イルを設定する．
3. Run, Run Now.
4. View Files from Job， View Log File でログを確認する． (この job は Faild で終了することもあるらしい．)
5. 出力に指定した PDB file に，

   
   	LINK        NH1  ARG A  40     .          NE   ARG B  63                ARG-ARG
   	LINK        NH1  ARG A  40     .          CZ   ARG B  63                ARG-ARG1
   	LINK        NH1  ARG A  40     .          NH2  ARG B  63                ARG-ARG2
   	CISPEP   1 GLY A   26    PRO A   27                    0.00
   	SSBOND   1 CYS A   96    CYS A    7
   	CISPEP   2 GLY B   26    PRO B   27                    0.00
   	SSBOND   2 CYS B   96    CYS B    7
   

   といった構造情報が書き加えられている(はず．私の持っているデータは そんな構造が無い)．誤りがあったら，適当なエィタで修正する．