初期モデルの作成 xfit

初期モデルの構築は xfit の Auto Fit を利用して大旨以下の行う． なお，構造構築中は頻繁に save すること．．．

1. まず， Xfit Accelerated Canvas 画面に電子密度分布図を表示し ておき，画面中心の $+$ 印に CA 位置と思われる場所をもっていく．
2. Model...ウィンドウを開き， Model # に使用していない番号を 設定する．
3. Name に適当な番号(例えば 200)を入力し， Typeを MRKにする．
4. Insert resから New modelを選択する．
5. Xfit Accelerated Canvas 画面で，この残基をクリックして選択 し，$>$ key を押すと baton mode で次の残基が表示される．
6. マウスの中ボタンを使って，この新たな残基の位置を電子密度分布図に 合せていく．
7. 主鎖の方向は後でひっくり返せるので，間違っても良い．
8. N端側に接続して行くには $<$ key を使用する．
9. 時々 XFit のメインウインドウで Symm Atoms をやって， 他の分子に侵入していないかをチェックする．
10. 主鎖上を順に進むのは space key，前に戻るのは b key，N末に跳ぶのは [ key，C末に跳ぶのは ] key である．
11. このトレース座標に保存は Files...で Output PDBの Save Active Modelボタンで行う．

図 9: オートフィット中の Model ウィンドウと Canvas 上の電子密度と MRK 座標モデル図

MRK でのトレースを終了したら，実際の一次構造に変更する．Sequence は 1 letter code で記述して ***.seq という名称にしておけば， Files... の Sequence File: で読み込むことが出来， Xfit Toolsの Auto Fitのプルダウンメニューにある Set Sequence... で配列を設定するこ とが出来る．

***** 以下「建設中」*****