XtalView

resolve が終了したら resolve.mtz と resolve.pdb というファイルが出来る． resolve.mtz には，resolve によって改良された FP PHIM FOMM が書き出されてい る．resolve.pdb は resolve がマップトレースして作成した初期モデルが 書き出されている．Resolve に sequence file を与えなかった場合は， 残基は Ala または Gly になっているようである．もちろん solve が決定した Se の位置も書かれている．

次にやるべきことは，この位相を使って，マップを書き，初期モデルを構築する ことだが，ここでは XtalView の xfit を使ってみる．通常 xfit でマップを 書くには phs という形式の位相データを使うが，ccp4i から xfit を起動す れば map2fs でマップの変換も自動的に行うことが出きる． ただし．map2fs は単位胞全体のマップを入力に要求するので，非対称単位の マップしか無い場合は maputils 等で拡張しておく．

XtalView が使用出来る環境で ccp4i を起動し，

1. Model Building から XtalView/Xfit を選択．
2. PDB file resolve.pdb を設定．
3. Map/Mask resolve.map を設定．(maputils で拡張した場合はその マップファイル)
4. Run， Run Now とすると Xfit が起動される．

ちなみに，mtz から phs のファイルに変換するには，mtz2various で

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#! /usr/bin/csh -f
mtz2various hklin resolve.mtz hklout resolve.phs << eof 
labin FP=FP  FOM=FOMM PHIB=PHIM 
OUTPUT USER '(3I4,x,F7.2,3x,F7.2,3x,F7.2)' 
END 
eof 
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という感じでやれば良い．

そうは言っても，XtalView の色々な機能を使うには，ccp4i からよりも，やっ ぱり xtalmgr から直接起動した方が便利である．