Patterson 図による重原子サイトの確認

少くとも重原子サイトを Patterson 図上で確認するくらいはやってみる． 前節のスクリプトを実行すると重原子サイトは ha.pdb という pdb ファイルに 書かれており，Fraction 座標では solve.prt というファイルの最後の方に書か れている．

ここでは，やっぱり ccp4i を使って Patterson 図を書いてみる．ccp4i を起動 して，

1. Experimental Phasing から Generate Patterson Map を選 択する．

2. Run FFT to generate Patterson using anom diff (D) data map in CCP4 format をチェック， Plot default Harker map section with vectors between atom coordinates とし，AnomDif に DANOpeak を選択する．(Run FFT to generate anomalous difference Patterson map in CCP4 format をチェックし，F1, F2 に F(+)peak, F(-)peak を選択すると centric な反射のデータも使用され る．DANO data はtruncate が centric な反射の場合は強制的に 0 にし ている．両者の結果が違うようだと，データ測定精度が悪いのかも知れ ない．)

3. Inter-Atomic Vectorsの所を Use atom coordinate data entered belowとして solve.prt の Solve の解を入力する．

図 2: Solve の結果の重原子サイトを重ねたパターソン図