電子密度分布図の様子を見る

Patterson 図のピークと重原子座標が良く一致していたら，ちょっと電子密度分 布図をみてみたくなる．やっぱり ccp4i でスタックマップを書いてみる．

1. Map & Mask Utilitiesから Run FFT - Create Map を選ら ぶ．
2. Plot map section with no coordinatesとし，
3. MTZ in ... に Solve の出力した solve.mtz を選択し，FP PHIB をアサインする．
4. Select Plot Sections で Plot section on Z axis from 0.0 to 1.0 in steps of 5とかして数枚のセクションを重ねたプロット にする．

きれいなマップならば，たまたま寝ているヘリックス等は見えるかも知れない． 少くとも分子境界が分るくらいのマップにはなっているはず．

図 3: Solve の結果のスタックマップ

ところで，Solve の結果のマップを O で見るのは簡単である．Solve を実行し た directory に solve.ezd というファイルが出来ているので，そこから O を 起動して，

@solve.ezd
ezd_draw
<cr>
<cr>

とすれば良い．もちろん mapman でスケルトナイズすることも可能である．ただ， この ezd 形式のマップは良いが，solve.ccp4_map の方はなぜかとても電子密度 のレベルが大きいようである．したがって，6d_mapman をやるなら，solve.ezd の方を使った方が良い．